Backofen auf 200°C vorheizen. Rosenkohl putzen, waschen und den Strunk kreuzweise einschneiden. Möhren putzen, waschen und in Scheiben schneiden. Tomaten waschen und in Würfel schneiden. Öl in einem Topf heiß werden lassen, Möhren darin ca. 5 Min. dünsten, Rosenkohl hinzufügen und kurz mitdünsten lassen. Tomaten zum Schluss untermischen.
Restliches Öl in einem Topf erhitzen. Zwiebeln darin anbraten, Mehl hinzugeben und anschwitzen. Mit Milch ablöschen. Anschließend Wasser dazugeben, Soße aufkochen lassen, mit Meersalz, weißen Pfeffer (aus der Mühle) und Muskatnuss abschmecken. 2/3 der Gemüsemischung in eine Gratinform geben, dann die Soße hinzufügen und das übrige Gemüse darüber verteilen.
Mozzarella in Scheiben schneiden und auf das Gratin legen, mit Salz und weißem Pfeffer (aus der Mühle) würzen und im Backofen ca. 30 Min. backen. Gratin vor dem Servieren mit Kräutern garnieren.